感情や記憶を「香り」として結晶化させる特別な力を持つ調香師の少女アミィ。彼女のもとに、ある日王宮から「視力と、世界のあらゆる色彩の記憶を失った天才彫刻家レオン」の心を癒やしてほしいという依頼が舞い込む。 すべての色を忘れ、暗闇の中で心を閉ざすレオンに対し、アミィは一針一針、丁寧に香りを調合し、彼の魂に世界の美しさを思い出させていく。しかし、レオンの失われた記憶の裏には、宮廷を揺るがす恐ろしい陰謀と、幼き日の二人が交わした「ある命懸けの約束」が隠されていた――。