高校1年生の夏。山梨県ののどかな田舎町で暮らす立花陸人（たちばな・りくと）は、どこか退屈な日々を送っていた。これといった目標もなく、周囲に流されるまま、幼馴染のカオリや、どこか冷めた同級生の田中と「いつも通り」の夏休みを迎えるはずだった。 そんなある日、陸人たちの前に不思議な雰囲気を纏った少女・琴美（ことみ）が転校生として現れる。彼女は「天文学部を作りたい」と突飛な提案をし、陸人たちはその強引さに巻き込まれる形で、4人だけの小さな部活動をスタートさせることになる。 学校に通い、仲間と過ごす一瞬一瞬を、まるで壊れやすい宝物を扱うかのように愛おしそうに楽しむ琴美。陸人は、そんな彼女の天真爛漫な姿と、時折見せるどこか寂しげな表情に、次第に目を離せなくなっていく。 しかし、この眩しい青春の裏には、陸人の知らない「秘密」が隠されていた。 果たして、陸人はカオリと琴美どちらを選択するのか。そして、切なすぎる初恋の果てに、琴美が手にする「本当の奇跡」とは――。時空を超えたひと夏の絆を描く、感動のSF青春ラブストーリー。