一年前に大好きだったおばあちゃんを亡くした少年・ゴンジャは、あるときおばあちゃんのお墓参りで、神隠しに遭う。その後おばあちゃんと友だちだったと言う少女の姿をした蛇神・ミシャと、自分を神隠しに合わせた龍神・サイルと友だちになり、平穏な夏休みを過ごしていたゴンジャに次々に不可解な出来事が起こる。