ベルダ村に暮らす十二歳の少年レオンは、スキル解放の儀式で『図鑑』というスキルを得る。しかしそれは「身の回りの草や虫の名前が分かる程度」と村中から「ハズレスキル」と笑われるものだった。 温厚で争いを好まない性格のレオンは、馬鹿にされても腐ることなく、持ち前の探求心で図鑑スキルと向き合い続ける。やがてそのスキルが、対象を繰り返し観察・分析・理解するたびに深く進化し、さらに人から得た知識や経験まで吸収して情報を更新していく、底知れない力を秘めていることが少しずつ明らかになっていく。