記憶喪失の治療中だった主人公は、雇われたもう一人の青年と共に、「非常に危険な少女」を探し出すよう命じられる。 少女が潜んでいるという複雑な研究所内を、主人公と青年は任務を達成するため練り歩く。 ただ少女を見つけ出すだけの単純な仕事と思っていた二人だが、それを阻む得体の知れない何かとの遭遇により、一筋縄ではいかない危険な仕事であると気が付いた。 しかし、任務達成を急ぐ主人公が出会ったのは、目標の少女ではなく、記憶のない主人公の名前を知っていた正体不明の別の少女だった。 互いの目的を果たすため、その少女と行動を共にする主人公だが、研究所の奥に進むにつれて、彼らを取り巻く恐ろしい闇と拭えない過去が少しずつ姿を現していく。