名門男子校・鷹ノ宮学園に、記念受験で合格してしまった中一の有馬直。だがその学校は、表向きはエリート校、裏では秘密のスパイ養成学校だった。配属されたのは、変装狂い、美形毒舌秀才、爆発好きの発明オタク、無口な怪力男が集まる問題児だらけの零班。最初の試験は「校長室の赤い封筒を盗め」。ところがその夜、盗まれてはいけない黒い封筒が消えていて……。直たちは学園の秘密に迫る思わぬ事件へ巻き込まれていく――。