男嫌いの天才錬金術師アミスは母親との船旅の途中、何者かに襲われて海に落ちてしまう。 そんなアミスを救ったのは、男だらけの海賊団だった。 船長のミクリオは、行方不明になった母親を探す代わりに海賊団のお抱え錬金術師になってくれるようアミスに頼んでくる。 男性が苦手なアミスは渋るも、とても断れるような状況ではなく……ミクリオの願いを聞き入れ、海賊たちとの生活が始まる。 当初は強面の海賊たちを怖がっていたアミスだが、実は気さくなミクリオ船長や、その妹のファラ、新米海賊のケビン少年との交流を経て、次第に海賊団に溶け込んでいく。