西暦2201年、人類は二つの大国、北半球を支配する北方地球連邦国と南半球を支配する南方人民共和国に分かれていた。互いに主権を手に入れるため、日夜戦争に明け暮れている。その中で人類の戦争兵器は進化を続け、「スカルプチャー」と呼ばれる汎用人型兵器が使われるようになった。とある理由から女性しか乗ることができないこの兵器を駆り、少女たちは命懸けの戦いに身を投じていく。本作の主人公はそんな少女たち．．．ではなく、少女たちを陰ながら支える一人の青年整備士の物語である。