地球軌道上に地続きになるほど大量のスペースコロニーが建造された時代、「新暦」。 ”エクストラ・ガイア＝ExG”と呼ばれるようになった地球圏ではExG政府と独立主義勢力”Du”が対立し、水面下の戦いが続いていた。 ExG政府軍のカウンターテロ部隊「666」に所属する青年、迫水シオンはDuが開発中の特殊兵器の破壊任務についていた。犠牲者を出しながらも、中枢部にたどりついた先でシオンは特殊兵器「ウォール・バニッシャー」を発見し、攻撃を開始する。その途中、ウォール・バニッシャーが起動し、シオンは撤退に間に合わず巻き込まれ中世ヨーロッパを思わせる異世界、エルフィリア界に飛ばされてしまう。