都会の片隅に佇むアンティークな喫茶店「カフェ・ド・ミステール」。そこでは「探偵界のレジェンド」と噂される無愛想なマスター・黒崎厳が、至高の一杯を淹れていた。 ある日、店が誇る「幻のコーヒー豆」が密室状態の棚から忽然と姿を消す。現場に残されていたのは、常連客の猫田が残した不可解な暗号メモ。 新人アルバイトの悠斗は、マスターやミステリー好きの編集者・星野雫とともに、メニューに隠された謎を解き明かしていく。それは単なる盗難事件ではなく、コーヒーを愛する者たちによる、粋でユーモラスな「挑戦状」だった――。