魔法が特定の人のみ使える世界、国立図書館に入庁した主人公は、すべての人の過去未来が描かれた図書を所蔵し世界の秩序を守る、”未来図書館’へ配属される。 　そこには、唯一その図書を読むことができる女の子がおり、主人公は、その女の子に恋をした。しかし、彼女はその思いに答えることはできなかった。 　そんな中、予知できない出来事の発生、そして、機能不全を起こしていく未来図書館、彼らは結ばれるのか...