異能戦争と呼ばれた終末戦争により旧文明は滅びた。 　男性だけが持つ異能は、戦争で互いを消し合い、男たちは急速に数を減らしていった。 　一万二千年後──。 　かつてニホンと呼ばれた地は百余のクニへ分かれ、男は「聖主」として一万人の女に傅かれる存在となっていた。 　華族は聖主に仕え、サトは生産を支え、追放された女はヤマで獣のように生き延びる。 　それでも聖主は減り続け、この地は再び滅びへ向かっていた。 　そんな時代、ヤマへ追放された華族の娘のマヤは、「穢れ地」で一万二千年前から眠り続けていた四人と出会う。 　その中にいた一人の男――ミナミ・ロク。 　後に『真聖主ミロク』と呼ばれ、百余のクニを統べ、大国を築く男である。 　これは、一人の男が神となり、『ミロクの御代』が始まるまでを未紐解く建国史──。