江戸末期。 柴田家の嘉平は、ある日人喰い沼と呼ばれる沼で河童のゴン太に出会う。 嘉平とゴン太は仲良くなるが、柴田家の隣に住み妖怪退治を生業とする不動飛尊は、河童に憎しみを燃やしていた。 ある時飛尊は村を総じて河童退治を始める。 ゴン太を守りたい嘉平は、村の風俗や伝承に詳しい学者の祖父松之助に相談するが——。 遠野の河童伝説をめぐり、人の憎しみと哀しみが交差する。