高校二年生の上乃園遥（うえのその はるか）は、穏やかな性格で周囲から信頼される文化部所属の女子生徒。困っている人を放っておけないその人柄から、苗字の「上乃園」にちなみ、学校中で親しみを込めて「エデンさん」と呼ばれている。 新学期の春、遥のクラスに天真爛漫で明るい転校生、神原葵（かんばら あおい）がやってくる。運動も勉強も得意で誰とでもすぐに打ち解ける葵は、初日から遥に興味を持ち、「エデンさん！」と親しげに声をかける。 性格は正反対ながらも、不思議と息の合う二人。落とし物や部活動でのトラブル、学校の七不思議、文化祭で起こる出来事など、学校生活の中で起こるさまざまな「小さな事件」を協力して解決していく。 事件を通して友情を深め、仲間との絆を育んでいく二人。しかし、その裏では「エデンさん」と呼ばれるようになった遥の過去と、葵がこの学校へ転校してきた本当の理由が少しずつ明らかになっていく。