西暦2100年、長崎市在住の女子高生、未紗詰 雫久（みさずめ しずく）と、その友人刻離延 充希（ときりの みつき）は共に特異能力者。その能力をうちに秘めて暮らしていたが、ある日、巨大な5次元影が長崎港上空に現れて、二人の人生が変わっていく。

更に、物理工学系「魔法」を駆使する魔法少女月白望愛（つきしろ のあ）が絡んで、展開していき、それぞれがオービタルリングに行く事になる。今年全線完成するその巨大施設にある、入域管理都市ROUING SERでは、『4次元直進航法』実験走行が、開始されようとしていた。

その宇宙空間に突如複数の5次元影が出現、その後に大重力波が都市を襲う。美布野艦長の許可で乗艦していた3人は、時間揺らぎ制御の能力者、理見崎花鈴と共同で重力波災害で被災した都市基盤支柱とスペースファウンデンを崩壊リスクから守るために、4次元直進航法実現艦艇HAYABUSA-07が救助活動する。

能力者3人の必死の活動で重力波災害をなんとか食い止めようとしたが、僅かに時間が足りない。そんな時、月白望愛の姉、月白菜絆が強力な魔法『世界2秒停止魔法』を発動する。
これにより，災害は食い止められたが、第３世代AIヒューマノイド ミカ・シャリアが、その真実に辿り着く。

2054年月下事象後のナゾ、その後の特異能力者との関係が明らかになってくる。
宇宙空間での壮大な災害事故とその対応する人々の姿、それと対照的な普通の女子高生の当たり前な日常生活、それらを描いたシリーズ後半作品。