異世界転生者。 【創世者（ジェネシス）】と呼ばれる地球外生命体の遺骸が日本に運び込まれた影響で発生した異世界・【小宇宙（セル）】の核となる彷徨える魂。 彼等の存在は現実世界の情報示容量（エントロピー）を喰らい、やがては崩壊させるリスクを孕んでいた。 対異世界機構・【虹の彼方へ（ＯＴＲ）】はこの事態に対して、特殊精鋭部隊・【叛逆王（二ムロド）】を設立。 異世界転生者が潜む【小宇宙（セル）】の攻略に日夜挑んでいた。 主人公・但野世界は転生者召喚儀仗機（Ｏ.Ｓ.Ｓ）・【選定の剣（カリバーン）】の起動に成功。 人造女神・キュベレイを召喚することで、異世界転生者の鹵獲能力を獲得する。 特殊精鋭部隊・【叛逆王（二ムロド）】に所属したセカイは、初陣として池袋サンシャインシティに発生した連結型小宇宙（セル・クラスター）を攻略するため、仲間達と共に潜入する。 しかしその裏では、巨大な陰謀が渦巻いており―― 異世界転生 東京バベル、堂々の開幕！！