魔法と工業化交錯する世界。日本は天皇と吸血鬼の始祖が互いを頂点として君臨する二重国家になっている。表向きは人間が統治しているが裏は始祖の吸血鬼、日向（ヒナタ）と軍のトップであり柊の当主である柊葵が始祖を降ろして自分を君主にしようと野望を抱くのだが、始祖姫は残虐ながら無邪気に柊に無理難題を投げかける。妹のような存在にほのぼのする場面もある物語だが、世界は残酷にも戦争へと傾いていく。