人々の暮らしを支える人型アンドロイド――《ハルモニア》。 彼らの寿命は、わずか10年。 役目を終えた彼らを引き取る【回収屋】は、人々から「喪失を運ぶ存在」として忌み嫌われており、それが雨宮修二の仕事だった。 18年前に妻を、10年前には娘をハルモニアにまつわる事故で失った修二は、生きる意味を見失いながらも、今日も誰かの『さよなら』を運び続けていた。 ある日、橋の下で身元不明の少女が保護される。 少女は過去の記憶を失い、唯一「雨宮」という姓だけを口にした。 雨宮凪。 感情の意味すら知らない少女は、修二と共に回収屋として働き始める。 人とハルモニア。 出会いと別れを繰り返すなかで、２人は「心がないはずの機械」と人間が紡ぐ絆、そして別れがもたらす生きる意味を知っていく。 やがて、失われた過去の果てに待つ真実と向き合うことになる。 そして２人にもまた、避けることのできない『さよなら』が訪れようとしていた。 これは、心を知らない少女と、生きる意味を見失った男が、誰かを前へ進ませるための『さよなら』を紡ぐ物語。