厳しい「三原則」がある伝統校・聖ヴァルプルギス学園。副会長の律は、制服の下に緑ジャージを履く野生児・いのりに説教していた。そこへ、律を狂信する最強の女装男子・蘭が乱入し、生徒会室は早くも大混乱に。 見かねた生徒会長の司が3人を制する。司は、学園の昼休みの謎――「購買の幻の焼きそばパン（限定5個）が、毎日一般生徒が並ぶ前に消える怪事件」を明かす。しかも犯人は生徒会役員の腕章をつけ、会長の名を騙っているという。 生徒会内部に内通者がいると睨んだ司は、生徒会に染まっていない「外部の特異点」であるいのり（野生の直感）と蘭（圧倒的武力）、そして唯一シロと確信できる律（カタブツ副会長）の3人を集め、秘密の『特別捜査班』を結成させる。