建築学科の大学生・白石小春は、卒業設計の調査のため雨月市立図書館を訪れる。 調査の最中、地下に存在する《禁書庫》へ続く扉を発見し、その存在を何気なく司書・久世真冬へ尋ねる。違和感を覚えた真冬が禁書庫を確認すると、雨月家最大の秘宝《萬怪拾遺》が何者かによって盗み出されていた。 その日を境に、雨月市では封印されていた妖怪たちが再び姿を現し始める。図書館を守りたい司書と、怪異を引き寄せる建築学生。 二人は《萬怪拾遺》を取り戻すため、絵巻の真実へ足を踏み入れることになる。