世界から色が失われて約20年。原因はいまだ解明されず、新型ウイルス説や最新兵器説など、さまざまな憶測が飛び交っていた。 そんな中、唯一失われた色彩を映し出せる鉱石「彩晶」が発見される。ガラスや鏡に加工された彩晶は莫大な価値を持つが、その恩恵は大国の富裕層に独占されていた。やがて帝国が彩晶の採掘地を持つ国へ侵攻したことをきっかけに、世界は彩晶を巡る戦争へと突入する。 軍人でパイロットの主人公は、任務中に帝国軍から攻撃を受ける民間機を発見し、交戦の末に敵を退ける。その機内には、一人の少女が乗っていた。少女は「連合国まで護衛してほしい」と願い出るが、面倒事を嫌う主人公はその依頼を断ろうとする。 しかし彼はまだ知らなかった。彼女との出会いが、白黒に染まったこの世界そのものを変えることになるとは―。