現代、世界中に「神話の神々の権能」を宿す若者『神憑り（デミ・ゴッド）』が出現。彼らを管理・育成するため、巨大人工島に作られた「私立聖統学園」が舞台。 主人公の烏丸 蓮（れん）は、最も不吉とされるギリシャ神話の冥王【ハデス】の権能を持っていた。しかし、目立ちたくない彼は「影に隠れるだけのFランク能力」と偽り、日陰者として平穏な学園生活を送ろうとしていた。 そんな彼に異常な執着を見せるのが、学園の生徒会長であり、最高位の女神【ヘラ】の権能を持つ完璧な美少女、神楽坂院 絢乃（あやの）。 彼女は蓮を愛するあまり、彼の半径1メートルに近づく女子生徒（敵の刺客だろうが、ただのクラスメイトだろうが）を、絶対的な「嫉妬の神罰（神雷）」で文字通り消滅させようとする超ド級のヤンデレだった！ 他勢力（北欧神話やエジプト神話）からの襲撃、そして絢乃の「愛の暴走」から平穏な日常（と周囲の命）を守るため、蓮は裏で「冥王」としての真の最強の力を振るうことになる。