現代世界にダンジョンが出現して30年。世間は「探索者」ブランクに沸いていたが、高卒無職の青年・白崎柊（しらさき しゅう）には無縁の話……のはずだった。 ある朝、柊が目を覚ますと、自宅の狭い庭から天井を突き破り、世界の全ダンジョンの根源たる『世界樹の苗木』が生えていた。驚きつつも、その枝に実っていた黄金の果実をかじった瞬間、柊は世界唯一の隠しジョブ【世界樹の管理者（ワールド・マスター）】に覚醒する。 レベルは1。しかし、その中身は「ダンジョンの階層を自由に書き換える」「モンスターを100%テイムする」「世界樹の雫で超高速レベルアップ」という、文字通りの神権。 「これ、わざわざ外の危険なダンジョンに行かなくても、家の中で全部完結するんじゃ……？」 自宅の庭（＝世界樹の根元）を自分だけの最強・快適なプライベートダンジョンに改造し、迷い込んできたはぐれ精霊や、外で冷遇されていたボクっ娘の天才魔術師を居候させながら、柊は自給自足の最強スローライフを始める。だが、彼が自宅の庭でドロップした「規格外の魔石」や「伝説の薬草」が、やがて世界中の探索者協会や大企業を大混乱に陥れていくことに――。