現代日本で四方院家特別相談役として生きる水希桜夜は、時折、見知らぬ世界の夢を見る。その夢に現れた未来の娘を名乗る少女・咲夜は、夢渡りによって桜夜に、反出生主義の星エデンの崩壊と、彼の名を借りて戦い消滅したもう一人の水希桜夜の存在を告げる。やがて桜夜は任務で青森へ向かい、雷を纏う少女サイカと出会う。彼女の「助けて」という声をきっかけに、黒の騎士と三原色の少女たちの物語が始まる。