週刊誌記者・相沢蓮は、新宿の高層ビルで起きた転落死を取材することになる。 自殺として処理されようとしていたその死の裏には、「東京ゼロ構想」と呼ばれる謎の再開発計画があった。 やがて蓮は、死者の名前が並ぶリストと、自分自身が「処理対象」とされている事実を知る。 新宿、渋谷、丸の内。 東京の街を舞台に、見えない組織「玻璃の会」の影が動き始める。