平凡で退屈な日常。就職活動も進まず、ただ息をしているだけの青年・森山慶太郎（23）は、横浜の海辺から突如として見知らぬ暗闇へと落下した。 そこは、光すら届かない異世界の奈落——決して生きては出られないとされる「南のダンジョン」の最下層（99階層）。 暗闇の中で彼が出会ったのは、青い炎を操るオッドアイの少女、セレーネ。 彼女は帝国の恐るべき真実を知ったがゆえに、この生還不可能な迷宮へと突き落とされた誇り高き第六王女だった。 「誰かいるの？」 「……俺もそれが知りたいところだ」 どんな危機でもパニックを起こさない「異常なまでの冷静さ」を持つ無気力な青年と、絶望の淵でも世界の真実を追い求める追放された姫。 交わるはずのなかった二人が漆黒の底で出会った時、帝国の歴史を揺るがす決死のサバイバルが幕を開ける。 これは、漆黒の最下層から這い上がり、世界に抗う二人の物語。