１０歳から成長が止まり、美少女と見紛うほどの可憐な容姿を保ったまま１５歳になった自称天才術師の少年、間宮　凪紗はレヴァンディエの地へ留学生として脚を踏み入れる。 ナギサには秘密があった、秘密の存在を知ったみんなにも秘密があった。彼は他人の秘密に興味が無かった。誰も彼の秘密がなんなのか知らなかった。だけど、ナギサには間違いなく、世界の秩序を作り変えてしまうほどの万能の力を身に宿していた。だからこそ、しなくてはならない義務があったのだ！ これはおそらく新人類が誕生してから最低でも３０万年以上経過したある星である少年が『神と呼ばれるようになるまで』に起きた学生生活の記憶。