1970年代、世界は謎の超兵器ENBによる核攻撃と第三次世界大戦によって崩壊へ向かっていた。核の冬と放射能汚染により文明は急速に衰退し、日本も分裂政府の下で辛うじて存続している。そんな中、北海道・室蘭で暮らす少女アイリーン・パラロイア・プロティフィアは、家族や幼なじみの節子・聡太たちと戦争の時代を生き抜いていた。父は空球由来の超兵器「空の艦隊」に関わる人物であり、アイは巨大戦艦ムサシや艦隊の秘密に触れていく。やがて海から流れ着いた少女型兵器「レッドソルジャーズ」の如月レイと出会い、彼女の罪と苦悩を知ることになる。崩壊した世界の中で絆を深めていく子どもたち。しかし戦争の裏では、HOOP・VIAの侵攻、空球の思惑、そしてアイ自身に芽生え始めた“未来を見る夢”が静かに動き始めていた。