南極大陸の片隅、巨大な氷塊や岩に囲まれ様々な環境が集まっているペンギンタウンというペンギン専用の都市があった ペンギンタウンは人間界や他の動物達とは接触しないような場所にあり、様々な種類のペンギン達が平和に暮らしていた コガタペンギンのルノもペンギンタウンで生活をしていたのだが、ある日海の向こうから新しいペンギンがやってくる そのペンギン達は南極のペンギン達とは違う進化を遂げており、新ペンギンと呼ばれていた 新ペンギンはペンギンタウンを侵略しにきておりルノも新ペンギンと戦うことになったのであった