20XX年。 高校生になった五条零は、浅倉学園へと入学する。 新しい環境に胸を躍らせながらも、どの部活に入るか決めかねていた零は、ある日「心霊部」と名乗る奇妙な部活の部長・朝倉康太と出会う。 廃部寸前のはずのその部活は、学園内では半ば噂として扱われる存在だった。だが確かに、そこには“実在する部員”がいた。 興味半分で心霊部に足を踏み入れた零は、そこで知ることになる。 この学園では昔から、原因不明の“死体の発見”が相次いでいるという事実を。 そして心霊部の本当の役割は、それらの事件の調査と解決だった。 「普通の高校生活」は、零がその部に入った瞬間から崩れ始める。 やがて彼は、学園に隠された“見てはいけないもの”へと足を踏み入れていくことになる――。