地下深く、アリの巣状に広がる超巨大洞窟《オメガシャフト》。 そこには《オルネア》と呼ばれる危険生命体が蔓延り、人類は長年侵入を拒まれていた。 しかし二十年前、オルネアの死骸から未知の鉱石《オルネア鉱》が発見される。 莫大なエネルギーと魔力を秘めたその鉱石を求め、人類は命懸けで洞窟探索を始めた。 探索者育成機関《フィルフューム学園》へ入学した少年・佐々木湊もまた、幼馴染や仲間たちと共に、死と隣り合わせの大洞窟へ挑むことになる。 これは、危険な地下洞窟で戦う、少年少女の物語。