理系女子高生の水瀬 暦（みなせ こよみ）は、気がつくと、言葉も文化も異なる東洋風の巨大な帝国「大嵐（たいらん）帝国」の後宮で、最下層の洗濯女官として働いていた。 この世界では、人々は不可解な現象をすべて「怪異」や「呪い」として恐れ、祈祷師の言葉にすがって生きている。しかし、科学オリンピックを目指していた暦の「理系の眼」をごまかすことはできない。彼女にとって、この世界の『呪い』の九割九分は、ただの初歩的な物理現象だった。 目立たず平穏に、元の世界へ帰る方法を探すつもりだった暦。だが、後宮の離宮にある「誰もいないのに耳元で呪いを囁く、幽霊の部屋」の掃除を命じられたことで、彼女の日常は一変する。 怯える周囲を余所に、暦が部屋の歪な構造と「音の性質」に気づいたその瞬間、暗闇から彼女を凝視する、一対の美しい瞳があった。 宮廷の政争を裏で操る美貌の若き官吏・鳳 漣（ほう れん）。彼にその異常な聡明さを見出された暦は、後宮に渦巻く陰謀と、数々の「偽りの奇跡」を科学の力で解き明かすことになる――！