永久機関の誕生により、世界に絶大な変化が訪れる。 無限のエネルギーを求めた研究者・技術者たちは空に浮かぶ巨大科学船団「パラドクシア」を創設、人類史上最大の研究国家を築き上げた。 それと同時期に世界各地では局所的な法則の歪みが発生、本来否定されたはずの学説やパラドックスの力を宿す人間「反証者」が出現する。 それからしばらくして永久機関を生み出した男、原初の反証者は、 「この研究を完成させるには私の残された時間はあまりにも短い。」 という言葉と一冊のノートを残し、表舞台から姿を消す。 その表紙にはこう刻まれていた。 『永久機関の破壊および世界の法則の修復法』 それから数年後ーー 四元素説の反証者、アルケー・エンペイドは反証者を抹殺せんとする追手から逃走していた。 原初の反証者の失踪後、パラドクシアは「世界の法則を修復しようとする者たち」、「無限のエネルギーと技術を世界に解放しようとする者たち」、「永久機関を独占し、世界の完全な統治を目論む者たち」の三つの派閥に分裂し、世界を巻き込む内乱を引き起こしていたのだ。 ある者は言う、「世界の法則から外れたものだけがこの戦争に変化をもたらすことができる」と。 アルケーはパラドクシアに乗り、真実を求める道を歩み始めた。