蒸気文明が花開いたヴィクトリア朝大英帝国、バーミンガムで機械義肢(クロックワークリム)職人をいとなむ青年ヴィクターは、自身も右腕と左脚に機械を宿す傑出した技術者だ。だがある日、彼は身に覚えのない「国家反逆罪」で突如逮捕される。「君には英国を狙うテロリストに技術を明け渡した嫌疑がかかっている」冤罪を晴らすために、ヴィクターは国家秘密機関のエージェントに協力し、ロンドンを狙う謎のテロ組織を追う。 科学の万能をまだ誰もが信じていた時代、技術開発がもたらす「功罪」にヴィクターは向き合っていく。