西暦１９９９年、ある予言が世界を震撼させた。 ノストラダムスの大予言だ。 「恐怖の大王が空から降ってきて人類は絶滅する。」 しかし予言は外れ、流行り病や戦争を経験しながら人類は今日まで生きている。 そうして西暦２９９９年。 恐怖の大王は、１０００年の遅刻でもってやって来た。 恐怖の大王は、日本の東京に根を張り巨大な樹木「世界樹」へ生長する。 果たして、世界樹は人類の天敵なのか、地球はどうなってしまうのか・・・。