神初紀年の新世代、三大種族が藍星にて共存している—— 真祖は高空を統治し、霊血種は暗影を彷徨い、人類は科学技術を掌握している。 彼らは平和が訪れたと謳うが、偏見が消え去ることはなかった。 夜神・透（トオル）・サラティエル。「災厄の紫瞳」を持つ霊血種の少年は、 不可解な形でティカル学園へと配属される——そこは種族共存の実験を推進するエリート学府である。 彼のクラスは、人類とVampireの混合クラス。 彼の使命は、本来なら隠忍と観察であるはずだった。 しかし、入学から二週間足らずで、キャンパス内に改造された狩人（ハンター）が現れる。 奇怪な殺戮、隠秘なる陰謀、幾重にも重なる嘘…… 透は気づくことになる。 いわゆる「共存」とは、入念に仕組まれたペテンに過ぎないということに。 そして彼自身の存在すらも、何者かが意図的に配置した変数（イレギュラー）なのだと。 紫瞳の少年は、いかにしてこの嵐の背後にある真相を暴くのか？ 衝突が激化し、血統が鎖となる時、 この世界に忘れ去られた少年が、時代を変える炎を灯す。