私たちの世界と並んで存在する並行世界に位置する人類の文明が一度リセットされてしまった世界、生きた機関を持つ飛行船が空の航路を駆け抜ける時代。いつ作られたとも知れず幾重に重なり天球となった空中大陸が人類の宇宙進出を阻み、人類は長きにわたってムガロ王国と反ムガロ連合の二大勢力間で争い、硝煙の中に停滞する歴史を紡いでいた。空中大陸の果てにたどり着くことを夢見る若き研究者ハル・カランベリは、ある日研究所にやってきたヴォロス・シャルレーンという謎めいた男から言葉をかけられる。 「空中戦艦の艦長養成コースに入りませんか？」 その言葉に心惹かれたハル・カランベリは、やがて空中戦艦アヴァターラの艦長として反ムガロ連合との戦いに身を投じることになる。彼女の行く先で、歴史はその速度を上げていく。