日夜、悪の組織と戦う魔法少女、マジカル・ピオニー。 だが、組織が本気を出した事で彼女はピンチに陥ってしまう。 ダメージを受けすぎて変身が解除されたピオニーこと牡丹の前に現れたのは、見知らぬ魔法少女であった。 どう見てもドローンにしか見えないオトモの妖精ドロシー。 更に戦い方は徒手空拳に、身体のあちこちからブースターが吹き出してと、どう見ても魔法ではなく科学で戦うスゥ。 魔法と科学の力で共に戦う2人の絆は深まっていくのだが、スゥの正体であるマキナにもとある秘密が隠されており……。