国防陸軍情報部の謀略は魔法科高校生たちをも巻き込み――。

二〇九七年四月。平穏な昼下がりの魔法科高校から、三矢詩奈が忽然と姿を消してしまった。混乱に陥る生徒会の面々、警察の伝手で独自に調査を始める千葉エリカたち……一連の事態は司波達也の耳にも入る。すべては国防陸軍情報部、十山つかさの想定通りに動いていた。達也を“テスト”するという彼女の計画は、最終段階へと進みつつあった。