幼い頃からいじめられっ子だった高校一年生の神代カミトは、自分を変えるために空手部に入部したものの、そこでも先輩たちのパシリやサンドバッグとして扱われる日々を送っていた。ついにパシリのための資金も底をつき、追い詰められたカミトは、街で声をかけられた高額な「闇バイト」へと手を出してしまう。 翌日、指示された場所へ向かったカミトが目にしたのは、老人の家で強盗を働く実行犯たちの姿だった。犯罪の片棒を担がされそうになり、さらに老人を殺害するようナイフを握らされるカミト。しかし、いじめられっ子であっても正義感を捨てきれないカミトは、そのナイフで老人の縄を切り、老人を逃がす選択をする。激怒した実行犯たちから激しい集団リンチを受け、カミトが意識を失いかけたその時、窓辺に一人の黒髪の少女が降り立つ。 少女の正体は、天照流忍術（あまてらすりゅうにんじゅつ）の使い手である「天照千夜（あまてらす ちよ）」。彼女は圧倒的な実力で闇バイトの実行犯たちを瞬く間に制圧し、ボロボロになったカミトの命を救う。カミトは、自らの危険を顧みず悪に立ち向かった千夜の凛とした強さに、激しい衝撃を受ける。 命の恩人である千夜への憧れ、そして「二度と理不尽に屈せず、大切な誰かを守れる本物の強さが欲しい」という強い願いから、カミトは彼女への弟子入りを決意する。こうして、いじめられっ子だった少年が、千夜の所属する「天照流忍術」へと入門し、過酷な忍びの修行へと身を投じていく