空に巨大な「世界樹の根」が広がる世界。そこでは、万物の源である魔力「エーテル」が腐敗する『黒死化（こくしか）』が進み、世界は静かに滅びへと向かっていた。 街の小さな工房で、魔導具の狂いを直す「星屑の調律師」として暮らす少年アルトは、ある日、空から降ってきた星の破片の中から、記憶を失った不思議な少女エルナを救い出す。彼女は、世界を黒死化から救うとされる伝説の「星の歌姫」の生き残りだった。 エルナの歌声と、アルトの調律魔法が共鳴したとき、黒死化を浄化する奇跡の力が発動する。しかし、その強力な力を我が物にしようと、軍事国家「ガイア帝国」の魔の手が二人に迫る。 帝国の追っ手を逃れ、世界を完全に再生する『創世の歌』を完成させるため、アルトとエルナは世界各地に散らばる「4つの精霊石」を巡る旅へ出ることを決意する。森のエルフ、霧の都の怪盗、砂漠の将軍、そして天空の竜族──様々な出会いと別れ、そして立ちはだかる試練を乗り越え、二人は固い絆で結ばれていく。 しかし、全ての精霊石が揃い、エルナの記憶が完全に覚醒したとき、残酷な真実が明かされる。 世界を救う『創世の歌』を響かせるには、歌姫自身の存在（命）を代償にしなければならないというのだ。 時を同じくして、世界を虚無に還そうとする黒幕「虚無の王」が降臨し、世界樹の完全な枯死が始まる。 世界滅亡へのカウントダウンが刻まれる中、アルトは世界を救うこと、そしてエルナの命を救うこと、その両方を叶えるために、自身の調律師としての全生命を賭けた「世界そのものの調律」に挑む──。