虚妄と現実の境界線が無くなった現代 —— 20XX年、突如として現れた怪物が人々や街を飲み込み、世界が希望を失いかけていたその時、一人の「救世主」が現れた。しかし、彼に訪れたのは、国家転覆罪というあまりにも理不尽な死刑宣告だった。 自我をすべて剥奪され、冷たい海へと投棄された主人公。だが、海底の虚無のなかで「女神」の光と一体となり、恐ろしい闇の触手に呑まれながらも、彼は奇跡的に引き揚げられる。 過去のすべてを失った彼は、「在原由記（ありわら ゆうき）」という新たな名前を与えられて復活を遂げ、ヒロインである佐野甘奈とともに登校する平穏な日々を送り始める。 しかし、そんな日常を切り裂くように再び怪物が現れ、彼らの世界を侵蝕していく。 自身の記憶すらも薄れゆく過酷な状況のなか、由記は行方をくらました甘奈の姿を追い、国家の陰謀と各勢力の思惑が交錯する暗雲の渦へと飲み込まれていく。 かつての救世主でありながら、今はすべての力を奪われ、何も持たない彼に一体何が出来るのか——。