地上が沈み、人類が太平洋に都市を築いてから二百年──西暦3019年。漂泊団の独立観測者ミヤは、観測艇〈シズク〉で太平洋を巡り、海面の異常を黙々と記録してきた。深海ステーション下層に隠れ住む沈黙を聴く男レイは、子供の頃から他者には聞こえない声を聴いてきた。 ある日、二人は〈シエラ・ディープ〉の放棄観測室で出会う。古い機器に触れたミヤの視界の端に、見たことのない女性の手が「視える」。レイにはそれが「聴こえる」。 「お前は、もう一人だ」 何かが、目覚めはじめている。