人類防衛機構《アーク》に所属する機械兵・ユウの任務は、“怪異”の調査と排除。 霧に覆われた廃都市。 存在しない駅へ向かう列車。 深夜だけ鳴るはずのない校内放送。 記録映像にだけ映る黒い影。 世界各地では、説明不能の異常現象が発生していた。 《怪異災害》 そう呼ばれるそれらは、人類を脅かす危険存在として処理されている。 上層部の命令に従い、ユウたちは危険区域へ赴き、怪異を調査・殲滅していく。 だが任務を重ねるうち、ユウは世界の“違和感”に気づき始める。 なぜ怪異は、自分たちを避けるように行動するのか。 なぜ消えた隊員の記録は最初から存在しなかったことになるのか。 そして、なぜ誰も“人間”を見たことがないのか。 やがてユウは知る。 怪異とは、世界のバグではない。 人類滅亡によって歪んだ“現実そのもの”だということを。 そしてその中心には、すべての始まりとされる禁忌区域―― 《きさらぎ駅》が存在していた。 戦いの果てにユウが最後に辿り着くのは、 崩壊した世界の真実と、静かな星空だった。