彗星衝突により文明は崩壊した。 研究員・岩井哲郎が地上で見たのは、人類が消えた世界だった。 生存者・相馬圭介と、旧防衛省のアンドロイド・千秋と共に旅を続ける中、彼らは異形生命体「レヴナント」の存在を知る。 レヴナントは人を襲いながらも、旧関東中心部へと集まり続けていた。そこには「中枢」と呼ばれる謎の存在があるという。 なぜ彼らはそこへ向かうのか。 彗星の正体とは何だったのか。 崩壊した世界の真相を求め、三人は“中心”へと向かう。