西暦2126年、人類は最早、滅亡まで秒読み段階となっていた。 　国際連盟は、人体を生きたまま冷凍保存できるポッドを用い、籤引きによって選ばれた日本に住む旅好きの青年、零士二郎を保存することとした。 　そんな二郎に課せられた使命は、もし人類滅亡後、何かしらの生命体が地球に訪れた時に人間の『生きた理由』を伝えることであった。 　だが、永き時を越えポッドから解放された時、記憶デバイスの損傷により二郎は人類の生きた理由に関する記憶を失ってしまった。 　自らを『開拓者』と名乗る人型地球生命体と出会った二郎は、この変わり果てた地球で人類の生きた理由を探すため旅に出る。