元従軍経験者である主人公は、自身に関する前世の記憶を一部失った状態で、浮島ばかりの終末世界グランシェルフに転生する。転生体の身に刻まれたD2-88の型番から（ディーツー・ダブルエイト）と名乗った彼は、転生特典らしき生前の調教済みAIと同じ人格を持つオートマトンのメイドと出会う。転生先の世界の終焉を止めるすべを模索しながら、手に入れたオンボロの飛空艇アトモスフィア号を駆り、旅を続ける。