人類は、寄生生命体《ノクス》との戦争に敗北した。 崩壊した東京。 生き残った人々は巨大防壁《クロノス・ウォール》の内側で暮らし、外の世界は怪物たちの支配する“崩壊区域”となっていた。 高校生・神城レンは、対ノクス戦闘員《リベリオン》として危険区域で戦う日々を送っている。 彼のパートナーは、《ノクス因子》を宿した少女――白鐘ユア。 人間でありながら怪物の力を持つ《イレギュラー》は、人類を守る存在でありながら、同時に恐れられ、迫害されていた。 そんな中、東京で正体不明の超大型ノクスが出現する。 さらに、その怪物を操る謎の男は言った。 「今夜、この街は終わる」 絶望に支配された東京で、少年と少女は“世界の真実”へ巻き込まれていく――。 これは、壊れた世界に抗う者たちの反逆の物語。