天才には三種類ある。 学問の天才。 芸術の天才。 そして、悟りの天才。 高校生・天道ミコは、その全てを持っていた。 全国模試一位。 世界的ピアニスト。 史上最年少の文学賞受賞者。さらには修行僧すら教え導く、悟りの少女。 だが彼女には、誰にも言えない秘密があった。 ――彼女は“両性具有”だった。 その存在は古代より、ある地域では悪魔、ある地域では天使、そしてある地域では“神”として恐れられ、崇拝されてきた。 やがてミコは知る。 自分がただの人間ではなく、“分離以前の魂” ――男と女に分かたれる前の原初存在である可能性を。 そして、夜空に現れる“第二の太陽”。 月面に隠されていた超文明《第零聖域》は、ミコを「人類には早すぎる神性」と判断。 彼女を月へ迎え入れ、1000年の眠りにつかせる。 目的はただ一つ。 未来に、彼女を受け入れられる文明を作るため。 千年後。 目覚めた世界で、少女は初めて“普通の恋”を知る。 これは、神になりかけた少女が、人間になるまでの物語。