突如飛来した巨大な骸『バエル』の出現により、一つの都市が消滅し、動乱の時代を迎えた惑星ガイア。 辺境で静かに暮らしていた若きサマナーの少女「リン」は、不可解な父の死の真相と、世界を裏から牛耳る支配組織「アクアムンドゥス社」の巨大な陰謀の渦へと巻き込まれていく。 支配組織、そして謎の抵抗組織「プロメテウスの火」の双方から追われる身となったリンは、黄昏の辺土で出会った凄腕のハンター「セラ」、そして厳しくも温かい師ジークのもとで過酷な修業を経て、サマナーとして、そして一人の戦士として、過酷な運命に立ち向かう強さを培っていく。 「ゾアは道具なんかじゃない。心を通わせれば、命だって預けられる」 相棒のゾアたちと絆を結び、精神をシンクロさせて戦う、命を懸けたバトル。父の遺産である暗号化されたデータに隠された世界の真実とは？ 星の記憶（クロニクル）が目覚めるとき、世界を揺るがす最終決戦の幕が上がる――！